EMBOSS transeq SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
United Kingdom

Submitter/Source:
SoapLab Support (over 11 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk:80/soaplab/typed/services/nucleic_translation.transeq

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/typed/services/nucleic_translation.transeq?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): SoapLab Support (over 10 years ago) http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.0/emboss/apps/transeq.html Login to add a documentation URL Description(s): from provider’s description doc (over 10 years ago) Translate nucleic acid sequences

SoapLab Support(over 10 years ago)

Translate nucleic acid sequences

Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 10 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : transeq
      • installation : Soaplab2 default installation
      • type : Nucleic Translation
      • output :
      • description : Translate nucleic acid sequences
      • version : 6.1.0
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : transeq
      • installation : Soaplab2 default installation
      • type : Nucleic Translation
      • output :
      • description : Translate nucleic acid sequences
      • version : 6.1.0
      • analysis_extension :
        • option :
          • name : emboss
          • type : normal
          • value : true
          • name : installation
          • type : normal
          • value : Soaplab2 default installation
          • name : version
          • type : normal
          • value : 6.1.0
        • event :
          • action :
          • id : _E_1
        • app_info :
          • category : nucleic_translation
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.1/emboss/apps/transeq.html
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : gcg
                • level : 0
                • value : gcg8
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : swiss
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
                • value : ncbi
                • level : 0
                • value : genbank
                • level : 0
                • value : nbrf
                • level : 0
                • value : pir
                • level : 0
                • value : codata
                • level : 0
                • value : strider
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
                • value : phylip
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : msf
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
                • value : jackknifernon
                • level : 0
                • value : nexus
                • level : 0
                • value : nexusnon
                • level : 0
                • value : treecon
                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
                • value : meganon
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : staden
                • level : 0
                • value : text
                • level : 0
                • value : raw
              • type : full
          • base :
          • choice_list :
            • separator : ,
            • grouptype : zero_or_more
            • base :
              • name : frame_1
              • default : true
              • mandatory : false
              • qualifier : 1
              • type : boolean
              • prompt : 1
              • ordering : 5
              • name : frame_2
              • default : false
              • mandatory : false
              • qualifier : 2
              • type : boolean
              • prompt : 2
              • ordering : 6
              • name : frame_3
              • default : false
              • mandatory : false
              • qualifier : 3
              • type : boolean
              • prompt : 3
              • ordering : 7
              • name : frame_F
              • default : false
              • mandatory : false
              • qualifier : F
              • type : boolean
              • prompt : Forward three frames
              • ordering : 8
              • name : frame_-1
              • default : false
              • mandatory : false
              • qualifier : -1
              • type : boolean
              • prompt : -1
              • ordering : 9
              • name : frame_-2
              • default : false
              • mandatory : false
              • qualifier : -2
              • type : boolean
              • prompt : -2
              • ordering : 10
              • name : frame_-3
              • default : false
              • mandatory : false
              • qualifier : -3
              • type : boolean
              • prompt : -3
              • ordering : 11
              • name : frame_R
              • default : false
              • mandatory : false
              • qualifier : R
              • type : boolean
              • prompt : Reverse three frames
              • ordering : 12
              • name : frame_6
              • default : false
              • mandatory : false
              • qualifier : 6
              • type : boolean
              • prompt : All six frames
              • ordering : 13
          • base :
          • standard :
            • list :
              • name : Genetic codes
              • list_item :
                • level : 0
                • shown_as : Standard
                • value : 0
                • level : 0
                • shown_as : Standard (with alternative initiation codons)
                • value : 1
                • level : 0
                • shown_as : Vertebrate Mitochondrial
                • value : 2
                • level : 0
                • shown_as : Yeast Mitochondrial
                • value : 3
                • level : 0
                • shown_as : Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial and Mycoplasma/Spiroplasma
                • value : 4
                • level : 0
                • shown_as : Invertebrate Mitochondrial
                • value : 5
                • level : 0
                • shown_as : Ciliate Macronuclear and Dasycladacean
                • value : 6
                • level : 0
                • shown_as : Echinoderm Mitochondrial
                • value : 9
                • level : 0
                • shown_as : Euplotid Nuclear
                • value : 10
                • level : 0
                • shown_as : Bacterial
                • value : 11
                • level : 0
                • shown_as : Alternative Yeast Nuclear
                • value : 12
                • level : 0
                • shown_as : Ascidian Mitochondrial
                • value : 13
                • level : 0
                • shown_as : Flatworm Mitochondrial
                • value : 14
                • level : 0
                • shown_as : Blepharisma Macronuclear
                • value : 15
                • level : 0
                • shown_as : Chlorophycean Mitochondrial
                • value : 16
                • level : 0
                • shown_as : Trematode Mitochondrial
                • value : 21
                • level : 0
                • shown_as : Scenedesmus obliquus
                • value : 22
                • level : 0
                • shown_as : Thraustochytrium Mitochondrial
                • value : 23
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • base :
            • name : trim
            • help : This removes all ‘X’ and ‘*’ characters from the right end of the translation. The trimming process starts at the end and continues until the next character is not a ‘X’ or a ‘*’
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : trim
            • prompt : Trim trailing X’s and *’s
            • type : boolean
            • ordering : 16
          • base :
            • name : clean
            • help : This changes all STOP codon positions from the ‘*’ character to ‘X’ (an unknown residue). This is useful because some programs will not accept protein sequences with ‘*’ characters in them.
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : clean
            • prompt : Change all *’s to X’s
            • type : boolean
            • ordering : 17
          • base :
            • name : alternative
            • help : The default definition of frame ‘-1’ is the reverse-complement of the set of codons used in frame 1. (Frame -2 is the set of codons used by frame 2, similarly frames -3 and 3). This is a common standard, used by the Staden package and other programs. If you prefer to define frame ‘-1’ as using the set of codons starting with the last codon of the sequence, then set this to be true.
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : alternative
            • prompt : Define frame ‘-1’ as starting in the last codon
            • type : boolean
            • ordering : 20
          • data :
            • result :
            • extension : pep
            • iotype : output
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : gcg
                • level : 0
                • value : gcg8
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : swiss
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
                • value : ncbi
                • level : 0
                • value : genbank
                • level : 0
                • value : nbrf
                • level : 0
                • value : pir
                • level : 0
                • value : codata
                • level : 0
                • value : strider
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
                • value : phylip
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : msf
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
                • value : jackknifernon
                • level : 0
                • value : nexus
                • level : 0
                • value : nexusnon
                • level : 0
                • value : treecon
                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
                • value : meganon
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : staden
                • level : 0
                • value : text
                • level : 0
                • value : raw
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
      • input :
        • name : frame_1
        • default : true
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : frame_2
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : frame_3
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : frame_F
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : frame_-1
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : frame_-2
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : frame_-3
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : frame_R
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : frame_6
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : trim
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : clean
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : alternative
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean

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