EMBOSS topo SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EBI)

Location:
United Kingdom

Submitter / Source:
uludag (about 1 year ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk:80/soaplab/typed/services/protein_2d_structure.topo

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/typed/services/protein_2d_structure.topo?wsdl(download last cached WSDL file)

Soaplab Server Base URL:
http://www.ebi.ac.uk:80/soaplab/typed/services

Soaplab Server WSDL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/typed/services/list?wsdl

Documentation URL(s): uludag (9 months ago)http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.0/emboss/apps/topo.html

Login to add a documentation URL Description(s): from provider’s description doc (6 months ago) Draws an image of a transmembrane protein

Franck Tanoh (about 1 year ago)This program predicts transmembrane segments in proteins, utilising the algorithm described in: “Persson, B. & Argos, P. (1994) Prediction of transmembrane segments in proteins utilising multiple sequence alignments J. Mol. Biol. 237, 182-192.”
tmap reads in one or more aligned protein sequences.

uludag (9 months ago)Draws an image of a transmembrane protein

Login to add a description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(6 months ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : topo
      • type : PROTEIN 2D STRUCTURE
      • installation : Soaplab2 default installation
      • output :
      • version : 6.1.0
      • description : Draws an image of a transmembrane protein
      • input :
      • analysis_extension :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : topo
      • type : PROTEIN 2D STRUCTURE
      • installation : Soaplab2 default installation
      • output :
      • version : 6.1.0
      • description : Draws an image of a transmembrane protein
      • input :
        • name : membrane
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        • type : boolean
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        • type : boolean
      • analysis_extension :
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          • name : installation
          • type : normal
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          • id : _E_1
        • app_info :
          • category : protein_2d_structure
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.1/emboss/apps/topo.html
        • parameter :
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            • prompt : Are there any signature areas to be marked
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