EMBOSS emowse SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EBI)

Location:
United Kingdom

Submitter / Source:
SoapLab Support (over 3 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk:80/soaplab/typed/services/protein_composition.emowse

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/typed/services/protein_composition.emowse?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): SoapLab Support (over 2 years ago)http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.0/emboss/apps/emowse.html

Login to add a documentation URL Description(s): from provider’s description doc (about 1 year ago) Search protein sequences by digest fragment molecular weight

SoapLab Support (over 2 years ago)Search protein sequences by digest fragment molecular weight

Login to add a description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(about 1 year ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : emowse
      • output :
      • version : 6.1.0
      • type : Protein Composition
      • installation : Soaplab2 default installation
      • description : Search protein sequences by digest fragment molecular weight
      • input :
      • analysis_extension :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : emowse
      • output :
      • version : 6.1.0
      • type : Protein Composition
      • installation : Soaplab2 default installation
      • description : Search protein sequences by digest fragment molecular weight
      • input :
        • name : weight
        • default : 0
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : mono
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : pcrange
        • default : 25
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : tolerance
        • default : 0.1
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : partials
        • default : 0.4
        • mandatory : false
        • type : float
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : gcg
                • level : 0
                • value : gcg8
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : swiss
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
                • value : ncbi
                • level : 0
                • value : genbank
                • level : 0
                • value : nbrf
                • level : 0
                • value : pir
                • level : 0
                • value : codata
                • level : 0
                • value : strider
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
                • value : phylip
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : msf
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
                • value : jackknifernon
                • level : 0
                • value : nexus
                • level : 0
                • value : nexusnon
                • level : 0
                • value : treecon
                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
                • value : meganon
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : staden
                • level : 0
                • value : text
                • level : 0
                • value : raw
              • type : full
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • ordering : 8
            • name : weight
            • qualifier : weight
            • default : 0
            • mandatory : false
            • type : long
            • prompt : Whole sequence molwt
          • base :
            • ordering : 9
            • name : mono
            • qualifier : mono
            • default : false
            • mandatory : false
            • type : boolean
            • prompt : Use monoisotopic weights
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Trypsin
                • level : 0
                • value : 1
                • shown_as : Lys-C
                • level : 0
                • value : 2
                • shown_as : Arg-C
                • level : 0
                • value : 3
                • shown_as : Asp-N
                • level : 0
                • value : 4
                • shown_as : V8-bicarb
                • level : 0
                • value : 5
                • shown_as : V8-phosph
                • level : 0
                • value : 6
                • shown_as : Chymotrypsin
                • level : 0
                • value : 7
                • shown_as : CNBr
                • level : 0
                • value : 8
              • name : Enzymes and reagents
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %d
            • max : 75
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • ordering : 12
            • name : pcrange
            • option :
              • name : scalemax
              • value : 75
              • type : style
            • qualifier : pcrange
            • default : 25
            • mandatory : false
            • type : long
            • prompt : Allowed whole sequence weight variability
          • range :
            • format : %f
            • max : 1.0
            • min : 0.1
            • repeatable :
          • base :
            • ordering : 13
            • name : tolerance
            • option :
              • name : scalemax
              • value : 1.0
              • type : style
              • name : scalemin
              • value : 0.1
              • type : style
            • qualifier : tolerance
            • default : 0.1
            • mandatory : false
            • type : float
            • prompt : Tolerance
          • range :
            • format : %f
            • max : 1.0
            • min : 0.1
            • repeatable :
          • base :
            • ordering : 14
            • name : partials
            • option :
              • name : scalemax
              • value : 1.0
              • type : style
              • name : scalemin
              • value : 0.1
              • type : style
            • qualifier : partials
            • default : 0.4
            • mandatory : false
            • type : float
            • prompt : Partials factor
        • option :
          • name : emboss
          • value : true
          • type : normal
          • name : installation
          • value : Soaplab2 default installation
          • type : normal
          • name : version
          • value : 6.1.0
          • type : normal
        • app_info :
          • category : protein_composition
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.1/emboss/apps/emowse.html
        • event :
          • action :
          • id : _E_1

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