fdnamlk SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
UNITED KINGDOM

Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/phylogeny_molecular_sequence.fdnamlk

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/phylogeny_molecular_sequence.fdnamlk?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : fdnamlk
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Phylogeny Molecular sequence
      • description : Estimates nucleotide phylogeny by maximum likelihood
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : fdnamlk
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Phylogeny Molecular sequence
      • description : Estimates nucleotide phylogeny by maximum likelihood
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : abi
                • level : 0
                • value : ace
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : bam
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : dbid
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : ensembl
                • level : 0
                • value : experiment
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
                • value : fastq
                • level : 0
                • value : fastq-illumina
                • level : 0
                • value : fastq-sanger
                • level : 0
                • value : fastq-solexa
                • level : 0
                • value : fitch
                • level : 0
                • value : gcg
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : gifasta
                • level : 0
                • value : hennig86
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : mase
                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : nexus
                • level : 0
                • value : pdb
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : pdbseq
                • level : 0
                • value : pearson
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : text
                • level : 0
                • value : treecon
              • type : full
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • range :
            • format : %d
            • max : 9
            • min : 1
            • repeatable :
          • base :
            • name : ncategories
            • ordering : 4
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic integer
              • name : scalemax
              • type : style
              • value : 9
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 1
            • default : 1
            • qualifier : ncategories
            • mandatory : false
            • prompt : Number of substitution rate categories
            • type : long
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • min : 0.001
            • repeatable :
          • base :
            • name : ttratio
            • ordering : 10
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 0.001
            • default : 2.0
            • qualifier : ttratio
            • mandatory : false
            • prompt : Transition/transversion ratio
            • type : float
          • base :
            • name : freqsfrom
            • ordering : 11
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : freqsfrom
            • mandatory : false
            • prompt : Use empirical base frequencies from seqeunce input
            • type : boolean
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Gamma distributed rates
                • level : 0
                • value : g
                • shown_as : Gamma+invariant sites
                • level : 0
                • value : i
                • shown_as : User defined HMM of rates
                • level : 0
                • value : h
                • shown_as : Constant rate
                • level : 0
                • value : n
              • name : Rate variation among sites
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • min : 0.001
            • repeatable :
          • base :
            • name : gammacoefficient
            • ordering : 14
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 0.001
            • default : 1
            • qualifier : gammacoefficient
            • mandatory : false
            • prompt : Coefficient of variation of substitution rate among sites
            • type : float
          • range :
            • format : %d
            • max : 9
            • min : 1
            • repeatable :
          • base :
            • name : ngammacat
            • ordering : 15
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic integer
              • name : scalemax
              • type : style
              • value : 9
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 1
            • default : 1
            • qualifier : ngammacat
            • mandatory : false
            • prompt : Number of categories (1-9)
            • type : long
          • range :
            • format : %f
            • min : 0.001
            • repeatable :
          • base :
            • name : invarcoefficient
            • ordering : 16
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 0.001
            • default : 1
            • qualifier : invarcoefficient
            • mandatory : false
            • prompt : Coefficient of variation of substitution rate among sites
            • type : float
          • range :
            • format : %d
            • max : 9
            • min : 1
            • repeatable :
          • base :
            • name : ninvarcat
            • ordering : 17
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic integer
              • name : scalemax
              • type : style
              • value : 9
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 1
            • default : 1
            • qualifier : ninvarcat
            • mandatory : false
            • prompt : Number of categories (1-9) including one for invariant sites
            • type : long
          • range :
            • format : %f
            • max : 0.9999
            • min : 0.0
            • repeatable :
          • base :
            • name : invarfrac
            • ordering : 18
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
              • name : scalemax
              • type : style
              • value : 0.9999
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 0.0
            • default : 0.0
            • qualifier : invarfrac
            • mandatory : false
            • prompt : Fraction of invariant sites
            • type : float
          • range :
            • format : %d
            • max : 9
            • min : 1
            • repeatable :
          • base :
            • name : nhmmcategories
            • ordering : 19
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic integer
              • name : scalemax
              • type : style
              • value : 9
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 1
            • default : 1
            • qualifier : nhmmcategories
            • mandatory : false
            • prompt : Number of HMM rate categories
            • type : long
          • base :
          • base :
          • base :
            • name : adjsite
            • ordering : 22
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : adjsite
            • mandatory : false
            • prompt : Rates at adjacent sites correlated
            • type : boolean
          • range :
            • format : %f
            • min : 1.0
            • repeatable :
          • base :
            • name : lambda
            • ordering : 23
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 1.0
            • default : 1.0
            • qualifier : lambda
            • mandatory : false
            • prompt : Mean block length of sites having the same rate
            • type : float
          • range :
            • format : %d
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • name : njumble
            • ordering : 24
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic integer
            • default : 0
            • qualifier : njumble
            • mandatory : false
            • prompt : Number of times to randomise
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • max : 32767
            • min : 1
            • repeatable :
          • base :
            • name : seed
            • ordering : 25
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic integer
              • name : scalemax
              • type : style
              • value : 32767
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 1
            • default : 1
            • qualifier : seed
            • mandatory : false
            • prompt : Random number seed between 1 and 32767 (must be odd)
            • type : long
          • base :
            • name : global
            • ordering : 26
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : global
            • mandatory : false
            • prompt : Global rearrangements
            • type : boolean
          • base :
            • name : lengths
            • ordering : 27
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : lengths
            • mandatory : false
            • prompt : Use branch lengths from user trees
            • type : boolean
          • base :
            • name : trout
            • ordering : 31
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : trout
            • mandatory : false
            • prompt : Write out trees to tree file
            • type : boolean
          • data :
            • result :
            • extension : treefile
            • iotype : output
          • base :
          • base :
            • name : printdata
            • ordering : 33
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : printdata
            • mandatory : false
            • prompt : Print data at start of run
            • type : boolean
          • base :
            • name : progress
            • ordering : 34
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : progress
            • mandatory : false
            • prompt : Print indications of progress of run
            • type : boolean
          • base :
            • name : treeprint
            • ordering : 35
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : treeprint
            • mandatory : false
            • prompt : Print out tree
            • type : boolean
          • base :
            • name : hypstate
            • ordering : 36
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : hypstate
            • mandatory : false
            • prompt : Reconstruct hypothetical sequence
            • type : boolean
        • option :
          • name : emboss
          • type : normal
          • value : true
          • name : installation
          • type : normal
          • value : Soaplab2 default installation
          • name : version
          • type : normal
          • value : 6.3.0
        • app_info :
          • category : phylogeny_molecular_sequence
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/fdnamlk.html
        • event :
          • action :
          • id : _E_1
      • input :
        • name : ncategories
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : ttratio
        • default : 2.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : freqsfrom
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : gammacoefficient
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : ngammacat
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : invarcoefficient
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : ninvarcat
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : invarfrac
        • default : 0.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : nhmmcategories
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : adjsite
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : lambda
        • default : 1.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : njumble
        • default : 0
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : seed
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : global
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : lengths
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : trout
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : printdata
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : progress
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : treeprint
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : hypstate
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean

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