twofeat SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
UNITED KINGDOM

Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/feature_tables.twofeat

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/feature_tables.twofeat?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : twofeat
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Feature tables
      • description : Finds neighbouring pairs of features in sequence(s)
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : twofeat
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Feature tables
      • description : Finds neighbouring pairs of features in sequence(s)
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : abi
                • level : 0
                • value : ace
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                • value : acedb
                • level : 0
                • value : bam
                • level : 0
                • value : biomart
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
                • value : codata
                • level : 0
                • value : dbid
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : ensembl
                • level : 0
                • value : experiment
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
                • value : fastq
                • level : 0
                • value : fastq-illumina
                • level : 0
                • value : fastq-sanger
                • level : 0
                • value : fastq-solexa
                • level : 0
                • value : fitch
                • level : 0
                • value : gcg
                • level : 0
                • value : genbank
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : gff2
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                • level : 0
                • value : gifasta
                • level : 0
                • value : hennig86
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : igstrict
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
                • value : mase
                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
                • value : msf
                • level : 0
                • value : nbrf
                • level : 0
                • value : nexus
                • level : 0
                • value : pdb
                • level : 0
                • value : pdbnuc
                • level : 0
                • value : pdbnucseq
                • level : 0
                • value : pdbseq
                • level : 0
                • value : pearson
                • level : 0
                • value : phylip
                • level : 0
                • value : phylipnon
                • level : 0
                • value : raw
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : swiss
                • level : 0
                • value : text
                • level : 0
                • value : treecon
              • type : full
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • name : minrange
            • ordering : 23
            • option :
              • name : EDAM:0001249
              • type : normal
              • value : data Sequence length
            • help : If this is greater or equal to ‘maxrange’, then no min or max range is specified
            • default : 0
            • qualifier : minrange
            • mandatory : false
            • prompt : The minimum distance between the features
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • name : maxrange
            • ordering : 24
            • option :
              • name : EDAM:0001249
              • type : normal
              • value : data Sequence length
            • help : If this is less than or equal to ‘minrange’, then no min or max range is specified
            • default : 0
            • qualifier : maxrange
            • mandatory : false
            • prompt : The maximum distance between the features
            • type : long
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Any sense
                • level : 0
                • value : 0
                • shown_as : Forward sense
                • level : 0
                • value : +
                • shown_as : Reverse sense
                • level : 0
                • value : –
              • name : Sense of first feature
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : aminscore
            • ordering : 7
            • option :
              • name : EDAM:0001772
              • type : normal
              • value : data Score
            • help : If this is greater than or equal to the maximum score, then any score is allowed.
            • default : 0.0
            • qualifier : aminscore
            • mandatory : false
            • prompt : Minimum score of first feature
            • type : float
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : amaxscore
            • ordering : 8
            • option :
              • name : EDAM:0001772
              • type : normal
              • value : data Score
            • help : If this is less than or equal to the maximum score, then any score is permitted.
            • default : 0.0
            • qualifier : amaxscore
            • mandatory : false
            • prompt : Maximum score of first feature
            • type : float
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Any sense
                • level : 0
                • value : 0
                • shown_as : Forward sense
                • level : 0
                • value : +
                • shown_as : Reverse sense
                • level : 0
                • value : –
              • name : Sense of second feature
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : bminscore
            • ordering : 16
            • option :
              • name : EDAM:0001772
              • type : normal
              • value : data Score
            • help : If this is greater than or equal to the maximum score, then any score is allowed.
            • default : 0.0
            • qualifier : bminscore
            • mandatory : false
            • prompt : Minimum score of second feature
            • type : float
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : bmaxscore
            • ordering : 17
            • option :
              • name : EDAM:0001772
              • type : normal
              • value : data Score
            • help : If this is less than or equal to the maximum score, then any score is permitted.
            • default : 0.0
            • qualifier : bmaxscore
            • mandatory : false
            • prompt : Maximum score of second feature
            • type : float
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Any
                • level : 0
                • value : A
                • shown_as : Overlap required
                • level : 0
                • value : O
                • shown_as : No overlaps are allowed
                • level : 0
                • value : NO
                • shown_as : Overlap required but not within
                • level : 0
                • value : NW
                • shown_as : A must be all within B
                • level : 0
                • value : AW
                • shown_as : B must be all within A
                • level : 0
                • value : BW
              • name : Type of overlap required
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : From nearest ends
                • level : 0
                • value : N
                • shown_as : From left ends
                • level : 0
                • value : L
                • shown_as : From right ends
                • level : 0
                • value : R
                • shown_as : From furthest ends
                • level : 0
                • value : F
              • name : Positions from which to measure the distance
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Any sense
                • level : 0
                • value : A
                • shown_as : Same sense
                • level : 0
                • value : S
                • shown_as : Opposite sense
                • level : 0
                • value : O
              • name : Sense of the features
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Any
                • level : 0
                • value : A
                • shown_as : Feature A then feature B
                • level : 0
                • value : AB
                • shown_as : Feature B then feature A
                • level : 0
                • value : BA
              • name : Order of the features
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • base :
            • name : twoout
            • ordering : 31
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • help : If you set this to be true, then the two features themselves will be written out. If it is left as false, then a single feature will be written out covering the two features you found.
            • default : false
            • qualifier : twoout
            • mandatory : false
            • prompt : Do you want the two features written out individually
            • type : boolean
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
        • option :
          • name : EDAM:0000160
          • type : normal
          • value : topic Sequence features
          • name : EDAM:0000255
          • type : normal
          • value : operation Sequence feature table query
          • name : emboss
          • type : normal
          • value : true
          • name : installation
          • type : normal
          • value : Soaplab2 default installation
          • name : version
          • type : normal
          • value : 6.3.0
        • app_info :
          • category : feature_tables
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/twofeat.html
        • event :
          • action :
          • id : _E_1
      • input :
        • name : minrange
        • default : 0
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : maxrange
        • default : 0
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