edialign SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
UNITED KINGDOM

Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/alignment_multiple.edialign

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/alignment_multiple.edialign?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : edialign
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Alignment Multiple
      • description : Local multiple alignment of sequences
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : edialign
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Alignment Multiple
      • description : Local multiple alignment of sequences
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : abi
                • level : 0
                • value : ace
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : bam
                • level : 0
                • value : biomart
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
                • value : codata
                • level : 0
                • value : dbid
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : ensembl
                • level : 0
                • value : experiment
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
                • value : fastq
                • level : 0
                • value : fastq-illumina
                • level : 0
                • value : fastq-sanger
                • level : 0
                • value : fastq-solexa
                • level : 0
                • value : fitch
                • level : 0
                • value : gcg
                • level : 0
                • value : genbank
                • level : 0
                • value : genpept
                • level : 0
                • value : gff2
                • level : 0
                • value : gff3
                • level : 0
                • value : gifasta
                • level : 0
                • value : hennig86
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : igstrict
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
                • value : mase
                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
                • value : msf
                • level : 0
                • value : nbrf
                • level : 0
                • value : nexus
                • level : 0
                • value : pdb
                • level : 0
                • value : pdbnuc
                • level : 0
                • value : pdbnucseq
                • level : 0
                • value : pdbseq
                • level : 0
                • value : pearson
                • level : 0
                • value : phylip
                • level : 0
                • value : phylipnon
                • level : 0
                • value : raw
                • level : 0
                • value : refseqp
                • level : 0
                • value : sam
                • level : 0
                • value : selex
                • level : 0
                • value : staden
                • level : 0
                • value : stockholm
                • level : 0
                • value : strider
                • level : 0
                • value : swiss
                • level : 0
                • value : text
                • level : 0
                • value : treecon
              • type : full
          • base :
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • choice_list :
            • grouptype : zero_or_more
            • separator : ,
            • base :
              • name : nucmode_n
              • ordering : 5
              • qualifier : n
              • default : true
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : simple
              • name : nucmode_nt
              • ordering : 6
              • qualifier : nt
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : translation
              • name : nucmode_ma
              • ordering : 7
              • qualifier : ma
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : mixed alignments
          • base :
          • base :
            • name : revcomp
            • ordering : 8
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • default : false
            • qualifier : revcomp
            • mandatory : false
            • prompt : Also consider the reverse complement
            • type : boolean
          • choice_list :
            • grouptype : zero_or_more
            • separator : ,
            • base :
              • name : overlapw_default__when_Nseq____35_
              • ordering : 10
              • qualifier : default (when Nseq =< 35)
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • name : overlapw_yes
              • ordering : 11
              • qualifier : yes
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • name : overlapw_no
              • ordering : 12
              • qualifier : no
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
          • base :
          • choice_list :
            • grouptype : zero_or_more
            • separator : ,
            • base :
              • name : linkage_UPGMA
              • ordering : 14
              • qualifier : UPGMA
              • default : true
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : UPGMA
              • name : linkage_max
              • ordering : 15
              • qualifier : max
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : maximum linkage
              • name : linkage_min
              • ordering : 16
              • qualifier : min
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : minimum linkage
          • base :
          • range :
            • format : %d
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • name : maxfragl
            • ordering : 17
            • option :
              • name : EDAM:0001249
              • type : normal
              • value : data Sequence length
            • default : 40
            • qualifier : maxfragl
            • mandatory : false
            • prompt : Maximum fragment length
            • type : long
          • base :
            • name : fragmat
            • ordering : 18
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • default : false
            • qualifier : fragmat
            • mandatory : false
            • prompt : Consider only N-fragment pairs that start with two matches
            • type : boolean
          • range :
            • format : %d
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • name : fragsim
            • ordering : 19
            • option :
              • name : EDAM:0001773
              • type : normal
              • value : data Tool-specific parameter
            • default : 4
            • qualifier : fragsim
            • mandatory : false
            • prompt : Consider only P-fragment pairs if first amino acid or codon pair has similarity score of at least n
            • type : long
          • base :
            • name : itscore
            • ordering : 20
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • default : false
            • qualifier : itscore
            • mandatory : false
            • prompt : Use iterative score
            • type : boolean
          • range :
            • format : %f
            • min : 0.0
            • repeatable :
          • base :
            • name : threshold
            • ordering : 21
            • option :
              • name : EDAM:0002146
              • type : normal
              • value : data Threshold
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 0.0
            • default : 0.0
            • qualifier : threshold
            • mandatory : false
            • prompt : Threshold for considering diagonal for alignment
            • type : float
          • base :
            • name : mask
            • ordering : 24
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • default : false
            • qualifier : mask
            • mandatory : false
            • prompt : Replace unaligned characters by stars ‘*’ rather then putting them in lowercase
            • type : boolean
          • base :
            • name : dostars
            • ordering : 25
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • default : false
            • qualifier : dostars
            • mandatory : false
            • prompt : Activate writing of stars instead of numbers
            • type : boolean
          • range :
            • format : %d
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • name : starnum
            • ordering : 26
            • option :
              • name : EDAM:0001773
              • type : normal
              • value : data Tool-specific parameter
            • default : 4
            • qualifier : starnum
            • mandatory : false
            • prompt : Put up to n stars ‘*’ instead of digits 0-9 to indicate level of conservation
            • type : long
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : asn1
                • level : 0
                • value : bam
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
                • value : codata
                • level : 0
                • value : das
                • level : 0
                • value : dasdna
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : experiment
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
                • value : fastq-illumina
                • level : 0
                • value : fastq-sanger
                • level : 0
                • value : fastq-solexa
                • level : 0
                • value : fitch
                • level : 0
                • value : gcg
                • level : 0
                • value : genbank
                • level : 0
                • value : genpept
                • level : 0
                • value : gff2
                • level : 0
                • value : gff3
                • level : 0
                • value : gifasta
                • level : 0
                • value : hennig86
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
                • value : jackknifernon
                • level : 0
                • value : mase
                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
                • value : meganon
                • level : 0
                • value : msf
                • level : 0
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