showpep SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
UNITED KINGDOM

Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/display.showpep

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/display.showpep?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : showpep
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Display
      • description : Displays protein sequences with features in pretty format
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : showpep
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Display
      • description : Displays protein sequences with features in pretty format
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : abi
                • level : 0
                • value : ace
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : bam
                • level : 0
                • value : biomart
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
                • value : codata
                • level : 0
                • value : dbid
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : ensembl
                • level : 0
                • value : experiment
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
                • value : fastq
                • level : 0
                • value : fastq-illumina
                • level : 0
                • value : fastq-sanger
                • level : 0
                • value : fastq-solexa
                • level : 0
                • value : fitch
                • level : 0
                • value : gcg
                • level : 0
                • value : genbank
                • level : 0
                • value : genpept
                • level : 0
                • value : gff2
                • level : 0
                • value : gff3
                • level : 0
                • value : gifasta
                • level : 0
                • value : hennig86
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : igstrict
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
                • value : mase
                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
                • value : msf
                • level : 0
                • value : nbrf
                • level : 0
                • value : nexus
                • level : 0
                • value : pdb
                • level : 0
                • value : pdbnuc
                • level : 0
                • value : pdbnucseq
                • level : 0
                • value : pdbseq
                • level : 0
                • value : pearson
                • level : 0
                • value : phylip
                • level : 0
                • value : phylipnon
                • level : 0
                • value : raw
                • level : 0
                • value : refseqp
                • level : 0
                • value : sam
                • level : 0
                • value : selex
                • level : 0
                • value : staden
                • level : 0
                • value : stockholm
                • level : 0
                • value : strider
                • level : 0
                • value : swiss
                • level : 0
                • value : text
                • level : 0
                • value : treecon
              • type : full
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Enter your own list of things to display
                • level : 0
                • value : 0
                • shown_as : Sequence only
                • level : 0
                • value : 1
                • shown_as : Default sequence with features
                • level : 0
                • value : 2
                • shown_as : Pretty sequence 4
                • level : 0
                • value : 3
              • name : Things to display
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • choice_list :
            • grouptype : zero_or_more
            • separator : ,
            • base :
              • name : things_S
              • ordering : 6
              • qualifier : S
              • default : true
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Sequence
              • name : things_B
              • ordering : 7
              • qualifier : B
              • default : true
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Blank line
              • name : things_T
              • ordering : 8
              • qualifier : T
              • default : true
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Ticks line
              • name : things_N
              • ordering : 9
              • qualifier : N
              • default : true
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Number ticks line
              • name : things_F
              • ordering : 10
              • qualifier : F
              • default : true
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Features
              • name : things_A
              • ordering : 11
              • qualifier : A
              • default : true
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Annotation
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : minscore
            • ordering : 20
            • option :
              • name : EDAM:0001772
              • type : normal
              • value : data Score
            • help : Minimum score of feature to display (see also maxscore)
            • default : 0.0
            • qualifier : minscore
            • mandatory : false
            • prompt : Minimum score of feature to display
            • type : float
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : maxscore
            • ordering : 21
            • option :
              • name : EDAM:0001772
              • type : normal
              • value : data Score
            • help : Maximum score of feature to display. If both minscore and maxscore are zero (the default), then any score is ignored
            • default : 0.0
            • qualifier : maxscore
            • mandatory : false
            • prompt : Maximum score of feature to display
            • type : float
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • base :
            • name : stricttags
            • ordering : 24
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • help : By default if any tag/value pair in a feature matches the specified tag and value, then all the tags/value pairs of that feature will be displayed. If this is set to be true, then only those tag/value pairs in a feature that match the specified tag and value will be displayed.
            • default : false
            • qualifier : stricttags
            • mandatory : false
            • prompt : Only display the matching tags
            • type : boolean
          • base :
            • name : threeletter
            • ordering : 28
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • default : false
            • qualifier : threeletter
            • mandatory : false
            • prompt : Display protein sequences in three-letter code
            • type : boolean
          • base :
            • name : number
            • ordering : 29
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • default : false
            • qualifier : number
            • mandatory : false
            • prompt : Number the sequences
            • type : boolean
          • range :
            • format : %d
            • min : 1
            • repeatable :
          • base :
            • name : width
            • ordering : 30
            • option :
              • name : EDAM:0002136
              • type : normal
              • value : data Sequence width
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 1
            • default : 60
            • qualifier : width
            • mandatory : false
            • prompt : Width of sequence to display
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • name : length
            • ordering : 31
            • option :
              • name : EDAM:0002152
              • type : normal
              • value : data Rendering parameter
            • default : 0
            • qualifier : length
            • mandatory : false
            • prompt : Line length of page (0 for indefinite)
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • name : margin
            • ordering : 32
            • option :
              • name : EDAM:0002152
              • type : normal
              • value : data Rendering parameter
            • default : 10
            • qualifier : margin
            • mandatory : false
            • prompt : Margin around sequence for numbering
            • type : long
          • base :
            • name : name
            • ordering : 33
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • help : Set this to be false if you do not wish to display the ID name of the sequence
            • default : false
            • qualifier : name
            • mandatory : false
            • prompt : Show sequence ID
            • type : boolean
          • base :
            • name : description
            • ordering : 34
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • help : Set this to be false if you do not wish to display the description of the sequence
            • default : false
            • qualifier : description
            • mandatory : false
            • prompt : Show description
            • type : boolean
          • range :
            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • name : offset
            • ordering : 35
            • option :
              • name : EDAM:0002145
              • type : normal
              • value : data Sequence offset
            • default : 1
            • qualifier : offset
            • mandatory : false
            • prompt : Offset to start numbering the sequence from
            • type : long
          • base :
            • name : html
            • ordering : 36
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • default : false
            • qualifier : html
            • mandatory : false
            • prompt : Use HTML formatting
            • type : boolean
        • option :
          • name : EDAM:0000092
          • type : normal
          • value : topic Visualisation and rendering
          • name : EDAM:0000564
          • type : normal
          • value : operation Sequence visualisation
          • name : emboss
          • type : normal
          • value : true
          • name : installation
          • type : normal
          • value : Soaplab2 default installation
          • name : version
          • type : normal
          • value : 6.3.0
        • app_info :
          • category : display
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/showpep.html
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