maskseq SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
UNITED KINGDOM

Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/edit.maskseq

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/edit.maskseq?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : maskseq
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Edit
      • description : Write a sequence with masked regions
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : maskseq
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Edit
      • description : Write a sequence with masked regions
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : abi
                • level : 0
                • value : ace
                • level : 0
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                • value : bam
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                • value : biomart
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
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                • value : dbid
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : ensembl
                • level : 0
                • value : experiment
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : gcg
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : gifasta
                • level : 0
                • value : hennig86
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : igstrict
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
                • value : mase
                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
                • value : msf
                • level : 0
                • value : nbrf
                • level : 0
                • value : nexus
                • level : 0
                • value : pdb
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : pdbnucseq
                • level : 0
                • value : pdbseq
                • level : 0
                • value : pearson
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • value : swiss
                • level : 0
                • value : text
                • level : 0
                • value : treecon
              • type : full
          • base :
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • base :
            • name : tolower
            • ordering : 6
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • help : The region can be ‘masked’ by converting the sequence characters to lower-case, some non-EMBOSS programs e.g. fasta can interpret this as a masked region. The sequence is unchanged apart from the case change. You might like to ensure that the whole sequence is in upper-case before masking the specified regions to lower-case by using the ‘-supper’ flag.
            • default : false
            • qualifier : tolower
            • mandatory : false
            • prompt : Change masked region to lower-case
            • type : boolean
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : asn1
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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              • type : full
            • repeatable :
          • base :
        • option :
          • name : EDAM:0000156
          • type : normal
          • value : topic Sequence editing
          • name : EDAM:0000368
          • type : normal
          • value : operation Sequence masking
          • name : emboss
          • type : normal
          • value : true
          • name : installation
          • type : normal
          • value : Soaplab2 default installation
          • name : version
          • type : normal
          • value : 6.3.0
        • app_info :
          • category : edit
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/maskseq.html
        • event :
          • action :
          • id : _E_1
      • input :
        • name : tolower
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean

License(s): No info yet Login to add license info Cost: No info yet Login to add cost info Usage conditions: No info yet Login to add usage conditions info Contact info: No info yet Login to add contact info How to cite this service: No info yet Login to add how to cite info Publications about this service: for this service (this can be in a common citation format like Bibtex, MLA or APA, a DOI, a URL, etc.) No info yet Login to add publications info Citations of this service: No info yet Login to add citations info Example workflows using this service: See all workflows on myExperiment that use this service Login to add workflows info