vrnaalifoldpf SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
UNITED KINGDOM

Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/nucleic_2d_structure.vrnaalifoldpf

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/nucleic_2d_structure.vrnaalifoldpf?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : vrnaalifoldpf
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Nucleic RNA folding, Nucleic 2D structure
      • description : RNA alignment folding with partition
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : vrnaalifoldpf
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Nucleic RNA folding, Nucleic 2D structure
      • description : RNA alignment folding with partition
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : abi
                • level : 0
                • value : ace
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : bam
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                • value : embl
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : experiment
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • value : fitch
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                • level : 0
                • value : hennig86
                • level : 0
                • value : ig
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                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : nexus
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : pdbseq
                • level : 0
                • value : pearson
                • level : 0
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                • level : 0
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                • value : sam
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : swiss
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : treecon
              • type : full
          • base :
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : temperature
            • ordering : 7
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
            • default : 37.0
            • qualifier : temperature
            • mandatory : false
            • prompt : Temperature
            • type : float
          • base :
            • name : gu
            • ordering : 8
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : gu
            • mandatory : false
            • prompt : Allow GU pairs
            • type : boolean
          • base :
            • name : closegu
            • ordering : 9
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : closegu
            • mandatory : false
            • prompt : Allow GU pairs at end of helices
            • type : boolean
          • base :
            • name : lp
            • ordering : 10
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : lp
            • mandatory : false
            • prompt : Allow lonely pairs
            • type : boolean
          • base :
            • name : convert
            • ordering : 11
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : convert
            • mandatory : false
            • prompt : Convert T to U
            • type : boolean
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • base :
            • name : tetraloop
            • ordering : 13
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : tetraloop
            • mandatory : false
            • prompt : Stabilizing energies for tetra-loops
            • type : boolean
          • base :
            • name : circular
            • ordering : 14
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : circular
            • mandatory : false
            • prompt : Circular RNA
            • type : boolean
          • base :
            • name : colour
            • ordering : 15
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : colour
            • mandatory : false
            • prompt : Colour structure plot
            • type : boolean
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : BP
                • level : 0
                • value : 0
                • shown_as : Any with GC
                • level : 0
                • value : 1
                • shown_as : Any with AU parameters
                • level : 0
                • value : 2
              • name : Energy parameters
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : scale
            • ordering : 17
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
            • default : 1.07
            • qualifier : scale
            • mandatory : false
            • prompt : Estimate of ensemble free energy
            • type : float
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Ignore
                • level : 0
                • value : 0
                • shown_as : Only unpaired bases for just one dangling end
                • level : 0
                • value : 1
                • shown_as : Always use dangling energies
                • level : 0
                • value : 2
                • shown_as : Allow coaxial stacking of adjacent helices
                • level : 0
                • value : 3
              • name : How to treat dangling end energies
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : covariance
            • ordering : 19
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
            • default : 1.0
            • qualifier : covariance
            • mandatory : false
            • prompt : Weight for covariance
            • type : float
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : nspenalty
            • ordering : 20
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
            • default : 1.0
            • qualifier : nspenalty
            • mandatory : false
            • prompt : Non-compatible sequence penalty
            • type : float
          • base :
            • name : endgaps
            • ordering : 21
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : endgaps
            • mandatory : false
            • prompt : Mark end gaps
            • type : boolean
          • base :
            • name : most
            • ordering : 22
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : most
            • mandatory : false
            • prompt : Use most informative sequence algorithm
            • type : boolean
          • data :
            • result :
            • extension : ps
            • iotype : output
          • base :
          • data :
            • result :
            • extension : ssps
            • iotype : output
          • base :
          • data :
            • result :
            • extension : alirnaps
            • iotype : output
          • base :
        • option :
          • name : emboss
          • type : normal
          • value : true
          • name : installation
          • type : normal
          • value : Soaplab2 default installation
          • name : version
          • type : normal
          • value : 6.3.0
        • app_info :
          • category : nucleic_rna_folding
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/vrnaalifoldpf.html
        • event :
          • action :
          • id : _E_1
      • input :
        • name : temperature
        • default : 37.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : gu
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : closegu
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : lp
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : convert
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : tetraloop
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : circular
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : colour
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : scale
        • default : 1.07
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : covariance
        • default : 1.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : nspenalty
        • default : 1.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : endgaps
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : most
        • default : false
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