vrnasubopt SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
UNITED KINGDOM

Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/nucleic_rna_folding.vrnasubopt

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/nucleic_rna_folding.vrnasubopt?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : vrnasubopt
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Nucleic RNA folding, Nucleic 2D structure
      • description : Calculate RNA suboptimals
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : vrnasubopt
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Nucleic RNA folding, Nucleic 2D structure
      • description : Calculate RNA suboptimals
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : abi
                • level : 0
                • value : ace
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : bam
                • level : 0
                • value : biomart
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : dbid
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : experiment
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : gifasta
                • level : 0
                • value : hennig86
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : pdbseq
                • level : 0
                • value : pearson
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : treecon
              • type : full
          • base :
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : temperature
            • ordering : 7
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
            • default : 37.0
            • qualifier : temperature
            • mandatory : false
            • prompt : Temperature
            • type : float
          • base :
            • name : circular
            • ordering : 8
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : circular
            • mandatory : false
            • prompt : Allow circular RNA
            • type : boolean
          • base :
            • name : dos
            • ordering : 9
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : dos
            • mandatory : false
            • prompt : DOS special corrections
            • type : boolean
          • base :
            • name : gu
            • ordering : 10
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : gu
            • mandatory : false
            • prompt : Allow GU pairs
            • type : boolean
          • base :
            • name : closegu
            • ordering : 11
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : closegu
            • mandatory : false
            • prompt : Allow GU pairs at end of helices
            • type : boolean
          • base :
            • name : lp
            • ordering : 12
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : lp
            • mandatory : false
            • prompt : Allow lonely pairs
            • type : boolean
          • base :
            • name : convert
            • ordering : 13
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : convert
            • mandatory : false
            • prompt : Convert T to U
            • type : boolean
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • base :
            • name : tetraloop
            • ordering : 15
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : tetraloop
            • mandatory : false
            • prompt : Stabilizing energies for tetra-loops
            • type : boolean
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : erange
            • ordering : 16
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
            • default : 1.0
            • qualifier : erange
            • mandatory : false
            • prompt : Calculate suboptimal structures within erange of the mfe
            • type : float
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : prange
            • ordering : 17
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
            • default : 0.0
            • qualifier : prange
            • mandatory : false
            • prompt : Only print structures with energy within prange of the mfe
            • type : float
          • base :
            • name : sort
            • ordering : 18
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : sort
            • mandatory : false
            • prompt : Sort structures by energy
            • type : boolean
          • base :
            • name : logml
            • ordering : 19
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : logml
            • mandatory : false
            • prompt : Logarithmic energy function for multi-loops
            • type : boolean
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Ignore
                • level : 0
                • value : 0
                • shown_as : Only unpaired bases for just one dangling end
                • level : 0
                • value : 1
                • shown_as : Always use dangling energies
                • level : 0
                • value : 2
                • shown_as : Allow coaxial stacking of adjacent helices
                • level : 0
                • value : 3
              • name : How to treat dangling end energies
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • name : nrandom
            • ordering : 21
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic integer
            • default : 0
            • qualifier : nrandom
            • mandatory : false
            • prompt : Number of random suboptimal structures
            • type : long
        • option :
          • name : emboss
          • type : normal
          • value : true
          • name : installation
          • type : normal
          • value : Soaplab2 default installation
          • name : version
          • type : normal
          • value : 6.3.0
        • app_info :
          • category : nucleic_rna_folding
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/vrnasubopt.html
        • event :
          • action :
          • id : _E_1
      • input :
        • name : temperature
        • default : 37.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : circular
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : dos
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : gu
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : closegu
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : lp
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : convert
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : tetraloop
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : erange
        • default : 1.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : prange
        • default : 0.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : sort
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : logml
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : nrandom
        • default : 0
        • mandatory : false
        • type : long

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