fseqboot SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
UNITED KINGDOM

Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/phylogeny_molecular_sequence.fseqboot

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/phylogeny_molecular_sequence.fseqboot?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : fseqboot
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Phylogeny Molecular sequence
      • description : Bootstrapped sequences algorithm
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : fseqboot
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Phylogeny Molecular sequence
      • description : Bootstrapped sequences algorithm
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : abi
                • level : 0
                • value : ace
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : bam
                • level : 0
                • value : biomart
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
                • value : codata
                • level : 0
                • value : dbid
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : ensembl
                • level : 0
                • value : experiment
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
                • value : fastq
                • level : 0
                • value : fastq-illumina
                • level : 0
                • value : fastq-sanger
                • level : 0
                • value : fastq-solexa
                • level : 0
                • value : fitch
                • level : 0
                • value : gcg
                • level : 0
                • value : genbank
                • level : 0
                • value : genpept
                • level : 0
                • value : gff2
                • level : 0
                • value : gff3
                • level : 0
                • value : gifasta
                • level : 0
                • value : hennig86
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : igstrict
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
                • value : mase
                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
                • value : msf
                • level : 0
                • value : nbrf
                • level : 0
                • value : nexus
                • level : 0
                • value : pdb
                • level : 0
                • value : pdbnuc
                • level : 0
                • value : pdbnucseq
                • level : 0
                • value : pdbseq
                • level : 0
                • value : pearson
                • level : 0
                • value : phylip
                • level : 0
                • value : phylipnon
                • level : 0
                • value : raw
                • level : 0
                • value : refseqp
                • level : 0
                • value : sam
                • level : 0
                • value : selex
                • level : 0
                • value : staden
                • level : 0
                • value : stockholm
                • level : 0
                • value : strider
                • level : 0
                • value : swiss
                • level : 0
                • value : text
                • level : 0
                • value : treecon
              • type : full
          • base :
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Bootstrap
                • level : 0
                • value : b
                • shown_as : Jackknife
                • level : 0
                • value : j
                • shown_as : Permute species for each character
                • level : 0
                • value : c
                • shown_as : Permute character order
                • level : 0
                • value : o
                • shown_as : Permute within species
                • level : 0
                • value : s
                • shown_as : Rewrite data
                • level : 0
                • value : r
              • name : Test
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • base :
            • name : regular
            • ordering : 8
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : regular
            • mandatory : false
            • prompt : Altered sampling fraction
            • type : boolean
          • range :
            • format : %f
            • max : 100.0
            • min : 0.1
            • repeatable :
          • base :
            • name : fracsample
            • ordering : 9
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic float
              • name : scalemax
              • type : style
              • value : 100.0
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 0.1
            • default : 100.0
            • qualifier : fracsample
            • mandatory : false
            • prompt : Samples as percentage of sites
            • type : float
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : PHYLIP
                • level : 0
                • value : p
                • shown_as : NEXUS
                • level : 0
                • value : n
                • shown_as : XML
                • level : 0
                • value : x
              • name : test
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : dna
                • level : 0
                • value : d
                • shown_as : protein
                • level : 0
                • value : p
                • shown_as : rna
                • level : 0
                • value : r
              • name : test
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %d
            • min : 1
            • repeatable :
          • base :
            • name : blocksize
            • ordering : 12
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic integer
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 1
            • default : 1
            • qualifier : blocksize
            • mandatory : false
            • prompt : Block size for bootstraping
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • min : 1
            • repeatable :
          • base :
            • name : reps
            • ordering : 13
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic integer
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 1
            • default : 100
            • qualifier : reps
            • mandatory : false
            • prompt : How many replicates
            • type : long
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • shown_as : Datasets
                • level : 0
                • value : d
                • shown_as : Weights
                • level : 0
                • value : w
              • name : Write out datasets or just weights
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %d
            • max : 32767
            • min : 1
            • repeatable :
          • base :
            • name : seed
            • ordering : 15
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic integer
              • name : scalemax
              • type : style
              • value : 32767
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 1
            • default : 1
            • qualifier : seed
            • mandatory : false
            • prompt : Random number seed between 1 and 32767 (must be odd)
            • type : long
          • base :
            • name : printdata
            • ordering : 19
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : printdata
            • mandatory : false
            • prompt : Print out the data at start of run
            • type : boolean
          • base :
            • name : dotdiff
            • ordering : 20
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : dotdiff
            • mandatory : false
            • prompt : Use dot-differencing
            • type : boolean
          • base :
            • name : progress
            • ordering : 21
            • option :
              • name : EDAM:
              • type : normal
              • value : Generic boolean
            • default : false
            • qualifier : progress
            • mandatory : false
            • prompt : Print indications of progress of run
            • type : boolean
        • option :
          • name : emboss
          • type : normal
          • value : true
          • name : installation
          • type : normal
          • value : Soaplab2 default installation
          • name : version
          • type : normal
          • value : 6.3.0
        • app_info :
          • category : phylogeny_molecular_sequence
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/fseqboot.html
        • event :
          • action :
          • id : _E_1
      • input :
        • name : regular
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : fracsample
        • default : 100.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : blocksize
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : reps
        • default : 100
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : seed
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : printdata
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : dotdiff
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : progress
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean

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