This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )
About Soaplab
Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.
Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.
Further documentation on Soaplab services is available:
- Soaplab overview
- Soaplab client guide page
- EBI Soaplab server documentation
- Soaplab 2
- Sourceforge site for EMBOSS Soaplab services
Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
Location:
UNITED KINGDOM
Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)
Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/display.sixpack
WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/display.sixpack?wsdl(download last cached WSDL file)
Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : sixpack
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Display, Nucleic Gene finding, Nucleic Translation
- description : Display a DNA sequence with 6-frame translation and ORFs
- analysis_extension :
- input :
- analysis :
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : sixpack
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Display, Nucleic Gene finding, Nucleic Translation
- description : Display a DNA sequence with 6-frame translation and ORFs
- analysis_extension :
- parameter :
- data :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : abi
- level : 0
- value : ace
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : bam
- level : 0
- value : biomart
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : dbid
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : ensembl
- level : 0
- value : experiment
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : fastq
- level : 0
- value : fastq-illumina
- level : 0
- value : fastq-sanger
- level : 0
- value : fastq-solexa
- level : 0
- value : fitch
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : genpept
- level : 0
- value : gff2
- level : 0
- value : gff3
- level : 0
- value : gifasta
- level : 0
- value : hennig86
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : igstrict
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : mase
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : pdb
- level : 0
- value : pdbnuc
- level : 0
- value : pdbnucseq
- level : 0
- value : pdbseq
- level : 0
- value : pearson
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : phylipnon
- level : 0
- value : raw
- level : 0
- value : refseqp
- level : 0
- value : sam
- level : 0
- value : selex
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : stockholm
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : treecon
- type : full
- list_item :
- list :
- base :
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- standard :
- list :
- list_item :
- shown_as : Standard
- level : 0
- value : 0
- shown_as : Standard (with alternative initiation codons)
- level : 0
- value : 1
- shown_as : Vertebrate Mitochondrial
- level : 0
- value : 2
- shown_as : Yeast Mitochondrial
- level : 0
- value : 3
- shown_as : Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial and Mycoplasma/Spiroplasma
- level : 0
- value : 4
- shown_as : Invertebrate Mitochondrial
- level : 0
- value : 5
- shown_as : Ciliate Macronuclear and Dasycladacean
- level : 0
- value : 6
- shown_as : Echinoderm Mitochondrial
- level : 0
- value : 9
- shown_as : Euplotid Nuclear
- level : 0
- value : 10
- shown_as : Bacterial
- level : 0
- value : 11
- shown_as : Alternative Yeast Nuclear
- level : 0
- value : 12
- shown_as : Ascidian Mitochondrial
- level : 0
- value : 13
- shown_as : Flatworm Mitochondrial
- level : 0
- value : 14
- shown_as : Blepharisma Macronuclear
- level : 0
- value : 15
- shown_as : Chlorophycean Mitochondrial
- level : 0
- value : 16
- shown_as : Trematode Mitochondrial
- level : 0
- value : 21
- shown_as : Scenedesmus obliquus
- level : 0
- value : 22
- shown_as : Thraustochytrium Mitochondrial
- level : 0
- value : 23
- name : Genetic codes
- type : full
- list_item :
- repeatable :
- list :
- base :
- base :
- name : firstorf
- ordering : 5
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Count the beginning of a sequence as a possible ORF, even if it’s inferior to the minimal ORF size.
- default : false
- qualifier : firstorf
- mandatory : false
- prompt : ORF at the beginning of the sequence
- type : boolean
- base :
- name : lastorf
- ordering : 6
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Count the end of a sequence as a possible ORF, even if it’s not finishing with a STOP, or inferior to the minimal ORF size.
- default : false
- qualifier : lastorf
- mandatory : false
- prompt : ORF at the end of the sequence
- type : boolean
- base :
- name : mstart
- ordering : 7
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Displays only ORFs starting with an M.
- default : false
- qualifier : mstart
- mandatory : false
- prompt : ORF start with an M
- type : boolean
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- base :
- name : reverse
- ordering : 12
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Display also the translation of the DNA sequence in the 3 reverse frames
- default : false
- qualifier : reverse
- mandatory : false
- prompt : Display translation of reverse sense
- type : boolean
- range :
- format : %d
- min : 1
- repeatable :
- base :
- name : orfminsize
- ordering : 13
- option :
- name : EDAM:0001249
- type : normal
- value : data Sequence length
- name : scalemin
- type : style
- value : 1
- help : Minimum size of Open Reading Frames (ORFs) to display in the translations.
- default : 1
- qualifier : orfminsize
- mandatory : false
- prompt : Minimum size of ORFs
- type : long
- standard :
- repeatable :
- base :
- standard :
- repeatable :
- base :
- base :
- name : number
- ordering : 16
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Number the sequence at the beginning and the end of each line.
- default : false
- qualifier : number
- mandatory : false
- prompt : Number the sequences
- type : boolean
- range :
- format : %d
- min : 1
- repeatable :
- base :
- name : width
- ordering : 17
- option :
- name : EDAM:0002136
- type : normal
- value : data Sequence width
- name : scalemin
- type : style
- value : 1
- help : Number of nucleotides displayed on each line
- default : 60
- qualifier : width
- mandatory : false
- prompt : Width of sequence to display
- type : long
- range :
- format : %d
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : length
- ordering : 18
- option :
- name : EDAM:0002152
- type : normal
- value : data Rendering parameter
- default : 0
- qualifier : length
- mandatory : false
- prompt : Line length of page (0 for indefinite)
- type : long
- range :
- format : %d
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : margin
- ordering : 19
- option :
- name : EDAM:0002152
- type : normal
- value : data Rendering parameter
- default : 10
- qualifier : margin
- mandatory : false
- prompt : Margin around sequence for numbering.
- type : long
- base :
- name : name
- ordering : 20
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Set this to be false if you do not wish to display the ID name of the sequence.
- default : false
- qualifier : name
- mandatory : false
- prompt : Display sequence ID
- type : boolean
- base :
- name : description
- ordering : 21
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Set this to be false if you do not wish to display the description of the sequence.
- default : false
- qualifier : description
- mandatory : false
- prompt : Display description
- type : boolean
- range :
- format : %d
- repeatable :
- base :
- name : offset
- ordering : 22
- option :
- name : EDAM:0002145
- type : normal
- value : data Sequence offset
- help : Number from which you want the DNA sequence to be numbered.
- default : 1
- qualifier : offset
- mandatory : false
- prompt : Offset to start numbering the sequence from
- type : long
- base :
- name : html
- ordering : 23
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : html
- mandatory : false
- prompt : Use HTML formatting
- type : boolean
- standard :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : asn1
- level : 0
- value : bam
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : das
- level : 0
- value : dasdna
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : experiment
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : fastq-illumina
- level : 0
- value : fastq-sanger
- level : 0
- value : fastq-solexa
- level : 0
- value : fitch
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : genpept
- level : 0
- value : gff2
- level : 0
- value : gff3
- level : 0
- value : gifasta
- level : 0
- value : hennig86
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : jackknifernon
- level : 0
- value : mase
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : meganon
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : ncbi
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : nexusnon
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : phylipnon
- level : 0
- value : pir
- level : 0
- value : raw
- level : 0
- value : refseq
- level : 0
- value : refseqp
- level : 0
- value : sam
- level : 0
- value : selex
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : treecon
- type : full
- list_item :
- repeatable :
- list :
- base :
- data :
- option :
- name : EDAM:0000108
- type : normal
- value : topic Transcription and translation
- name : EDAM:0000371
- type : normal
- value : operation DNA translation
- name : EDAM:0000436
- type : normal
- value : operation Coding region prediction
- name : EDAM:0000564
- type : normal
- value : operation Sequence visualisation
- name : emboss
- type : normal
- value : true
- name : installation
- type : normal
- value : Soaplab2 default installation
- name : version
- type : normal
- value : 6.3.0
- app_info :
- category : display
- help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/sixpack.html
- event :
- action :
- id : _E_1
- parameter :
- input :
- name : firstorf
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : lastorf
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : mstart
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : reverse
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : orfminsize
- default : 1
- mandatory : false
- type : long
- name : number
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : width
- default : 60
- mandatory : false
- type : long
- name : length
- default : 0
- mandatory : false
- type : long
- name : margin
- default : 10
- mandatory : false
- type : long
- name : name
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : description
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : offset
- default : 1
- mandatory : false
- type : long
- name : html
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- analysis :
License(s): No info yet Login to add license info Cost: No info yet Login to add cost info Usage conditions: No info yet Login to add usage conditions info Contact info: No info yet Login to add contact info How to cite this service: No info yet Login to add how to cite info Publications about this service: for this service (this can be in a common citation format like Bibtex, MLA or APA, a DOI, a URL, etc.) No info yet Login to add publications info Citations of this service: No info yet Login to add citations info Example workflows using this service: See all workflows on myExperiment that use this service Login to add workflows info