wordfinder SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
UNITED KINGDOM

Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/alignment_local.wordfinder

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/alignment_local.wordfinder?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : wordfinder
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Alignment Local
      • description : Match large sequences against one or more other sequences
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : wordfinder
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Alignment Local
      • description : Match large sequences against one or more other sequences
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • value : hennig86
                • level : 0
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              • type : full
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            • list :
              • list_item :
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                • value : abi
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                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : igstrict
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
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              • name : scalemax
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            • type : float
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              • name : calculated_default
              • type : normal
              • value : ${acdprotein}? 1.5 : 1.5
              • name : scalemax
              • type : style
              • value : 10.0
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 0.0
            • qualifier : gapextend
            • mandatory : false
            • prompt : Gap extension penalty
            • type : float
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %d
            • min : 1
            • repeatable :
          • base :
            • name : width
            • ordering : 10
            • option :
              • name : EDAM:0002136
              • type : normal
              • value : data Sequence width
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 1
            • default : 16
            • qualifier : width
            • mandatory : false
            • prompt : Alignment width
            • type : long
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            • format : %d
            • min : 3
            • repeatable :
          • base :
            • name : wordlen
            • ordering : 11
            • option :
              • name : EDAM:0001250
              • type : normal
              • value : data Word size
              • name : scalemin
              • type : style
              • value : 3
            • default : 6
            • qualifier : wordlen
            • mandatory : false
            • prompt : Word length for initial matching
            • type : long
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          • base :
            • name : limitmatch
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              • type : normal
              • value : data Match reward score
            • default : 0
            • qualifier : limitmatch
            • mandatory : false
            • prompt : Maximum match score (zero for no limit)
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • name : limitalign
            • ordering : 13
            • option :
              • name : EDAM:0002136
              • type : normal
              • value : data Sequence width
            • default : 0
            • qualifier : limitalign
            • mandatory : false
            • prompt : Maximum alignment length (zero for no limit)
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • name : lowmatch
            • ordering : 14
            • option :
              • name : EDAM:0001401
              • type : normal
              • value : data Match reward score
            • default : 0
            • qualifier : lowmatch
            • mandatory : false
            • prompt : Minimum match score (zero for no limit)
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • name : lowalign
            • ordering : 15
            • option :
              • name : EDAM:0002136
              • type : normal
              • value : data Sequence width
            • default : 0
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            • mandatory : false
            • prompt : Minimum alignment length (zero for no limit)
            • type : long
          • data :
            • result :
            • iotype : output
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