![header=[] body=[Provider's description doc] cssheader=[boxoverTooltipHeader] cssbody=[boxoverTooltipBody] delay=[200]](/assets/page_white_code-a2f327cbed9ca84c8650d7721293707d.png)
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : einverted
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Nucleic Repeats, Nucleic 2D structure
- description : Finds inverted repeats in nucleotide sequences
- analysis_extension :
- input :
Show all

- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : einverted
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Nucleic Repeats, Nucleic 2D structure
- description : Finds inverted repeats in nucleotide sequences
- analysis_extension :
- parameter :
- data :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : abi
- level : 0
- value : ace
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : bam
- level : 0
- value : biomart
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : dbid
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : ensembl
- level : 0
- value : experiment
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : fastq
- level : 0
- value : fastq-illumina
- level : 0
- value : fastq-sanger
- level : 0
- value : fastq-solexa
- level : 0
- value : fitch
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : genpept
- level : 0
- value : gff2
- level : 0
- value : gff3
- level : 0
- value : gifasta
- level : 0
- value : hennig86
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : igstrict
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : mase
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : pdb
- level : 0
- value : pdbnuc
- level : 0
- value : pdbnucseq
- level : 0
- value : pdbseq
- level : 0
- value : pearson
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : phylipnon
- level : 0
- value : raw
- level : 0
- value : refseqp
- level : 0
- value : sam
- level : 0
- value : selex
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : stockholm
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : treecon
- type : full
- base :
- range :
- format : %d
- repeatable :
- base :
- name : gap
- ordering : 4
- option :
- name : EDAM:0002137
- type : normal
- value : data Gap penalty
- default : 12
- qualifier : gap
- mandatory : false
- prompt : Gap penalty
- type : long
- range :
- format : %d
- repeatable :
- base :
- name : threshold
- ordering : 5
- option :
- name : EDAM:0002146
- type : normal
- value : data Threshold
- default : 50
- qualifier : threshold
- mandatory : false
- prompt : Minimum score threshold
- type : long
- range :
- format : %d
- repeatable :
- base :
- name : match
- ordering : 6
- option :
- name : EDAM:0001401
- type : normal
- value : data Match reward score
- default : 3
- qualifier : match
- mandatory : false
- prompt : Match score
- type : long
- range :
- format : %d
- repeatable :
- base :
- name : mismatch
- ordering : 7
- option :
- name : EDAM:0001402
- type : normal
- value : data Mismatch penalty score
- default : -4
- qualifier : mismatch
- mandatory : false
- prompt : Mismatch score
- type : long
- data :
- result :
- extension : inv
- iotype : output
- base :
- range :
- format : %d
- repeatable :
- base :
- name : maxrepeat
- ordering : 9
- option :
- name : EDAM:0001249
- type : normal
- value : data Sequence length
- help : Maximum separation between the start of repeat and the end of the inverted repeat (the default is 2000 bases).
- default : 2000
- qualifier : maxrepeat
- mandatory : false
- prompt : Maximum extent of repeats
- type : long
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- standard :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : asn1
- level : 0
- value : bam
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : das
- level : 0
- value : dasdna
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : experiment
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : fastq-illumina
- level : 0
- value : fastq-sanger
- level : 0
- value : fastq-solexa
- level : 0
- value : fitch
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : genpept
- level : 0
- value : gff2
- level : 0
- value : gff3
- level : 0
- value : gifasta
- level : 0
- value : hennig86
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : jackknifernon
- level : 0
- value : mase
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : meganon
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : ncbi
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : nexusnon
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : phylipnon
- level : 0
- value : pir
- level : 0
- value : raw
- level : 0
- value : refseq
- level : 0
- value : refseqp
- level : 0
- value : sam
- level : 0
- value : selex
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : treecon
- type : full
- repeatable :
- base :
- option :
- name : EDAM:0000157
- type : normal
- value : topic Sequence composition
- name : EDAM:0000278
- type : normal
- value : operation RNA secondary structure prediction
- name : EDAM:0000379
- type : normal
- value : operation Repeat sequence identification
- name : emboss
- type : normal
- value : true
- name : installation
- type : normal
- value : Soaplab2 default installation
- name : version
- type : normal
- value : 6.3.0
- app_info :
- category : nucleic_repeats
- help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/einverted.html
- event :
- action :
- id : _E_1
- input :
- name : gap
- default : 12
- mandatory : false
- type : long
- name : threshold
- default : 50
- mandatory : false
- type : long
- name : match
- default : 3
- mandatory : false
- type : long
- name : mismatch
- default : -4
- mandatory : false
- type : long
- name : maxrepeat
- default : 2000
- mandatory : false
- type : long