est2genome SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
UNITED KINGDOM

Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/alignment_global.est2genome

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/alignment_global.est2genome?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : est2genome
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Alignment Global
      • description : Align EST sequences to genomic DNA sequence
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : est2genome
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Alignment Global
      • description : Align EST sequences to genomic DNA sequence
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
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                • level : 0
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              • type : full
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          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : abi
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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              • type : full
          • base :
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • range :
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            • repeatable :
          • base :
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            • ordering : 5
            • option :
              • name : EDAM:0001401
              • type : normal
              • value : data Match reward score
            • default : 1
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            • mandatory : false
            • prompt : Score for matching two bases
            • type : long
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          • base :
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            • ordering : 6
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              • type : normal
              • value : data Mismatch penalty score
            • default : 1
            • qualifier : mismatch
            • mandatory : false
            • prompt : Cost for mismatching two bases
            • type : long
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            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • name : gappenalty
            • ordering : 7
            • option :
              • name : EDAM:0002137
              • type : normal
              • value : data Gap penalty
            • help : Cost for deleting a single base in either sequence, excluding introns
            • default : 2
            • qualifier : gappenalty
            • mandatory : false
            • prompt : Gap penalty
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • name : intronpenalty
            • ordering : 8
            • option :
              • name : EDAM:0002138
              • type : normal
              • value : data Penalty
            • help : Cost for an intron, independent of length.
            • default : 40
            • qualifier : intronpenalty
            • mandatory : false
            • prompt : Intron penalty
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • name : splicepenalty
            • ordering : 9
            • option :
              • name : EDAM:0002138
              • type : normal
              • value : data Penalty
            • help : Cost for an intron, independent of length and starting/ending on donor-acceptor sites
            • default : 20
            • qualifier : splicepenalty
            • mandatory : false
            • prompt : Splice site penalty
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • name : minscore
            • ordering : 10
            • option :
              • name : EDAM:0002146
              • type : normal
              • value : data Threshold
            • help : Exclude alignments with scores below this threshold score.
            • default : 30
            • qualifier : minscore
            • mandatory : false
            • prompt : Minimum accepted score
            • type : long
          • base :
            • name : reverse
            • ordering : 13
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • help : Reverse the orientation of the EST sequence
            • default : false
            • qualifier : reverse
            • mandatory : false
            • prompt : Reverse orientation
            • type : boolean
          • base :
            • name : usesplice
            • ordering : 14
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • help : Use donor and acceptor splice sites. If you want to ignore donor-acceptor sites then set this to be false.
            • default : false
            • qualifier : usesplice
            • mandatory : false
            • prompt : Use donor and acceptor splice sites
            • type : boolean
          • choice_list :
            • grouptype : zero_or_more
            • separator : ,
            • base :
              • name : mode_both
              • ordering : 16
              • qualifier : both
              • default : true
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Both strands
              • name : mode_forward
              • ordering : 17
              • qualifier : forward
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Forward strand only
              • name : mode_reverse
              • ordering : 18
              • qualifier : reverse
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Reverse strand only
          • base :
          • base :
            • name : best
            • ordering : 19
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • help : You can print out all comparisons instead of just the best one by setting this to be false.
            • default : false
            • qualifier : best
            • mandatory : false
            • prompt : Print out only best alignment
            • type : boolean
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : space
            • ordering : 20
            • option :
              • name : EDAM:0001773
              • type : normal
              • value : data Tool-specific parameter
            • help : For linear-space recursion. If product of sequence lengths divided by 4 exceeds this then a divide-and-conquer strategy is used to control the memory requirements. In this way very long sequences can be aligned. If you have a machine with plenty of memory you can raise this parameter (but do not exceed the machine’s physical RAM)
            • default : 10.0
            • qualifier : space
            • mandatory : false
            • prompt : Space threshold (in megabytes)
            • type : float
          • range :
            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • name : shuffle
            • ordering : 21
            • option :
              • name : EDAM:0001773
              • type : normal
              • value : data Tool-specific parameter
            • qualifier : shuffle
            • mandatory : false
            • prompt : Shuffle
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • name : seed
            • ordering : 22
            • option :
              • name : EDAM:0001773
              • type : normal
              • value : data Tool-specific parameter
            • default : 20825
            • qualifier : seed
            • mandatory : false
            • prompt : Random number seed
            • type : long
          • base :
            • name : align
            • ordering : 26
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • help : Show the alignment. The alignment includes the first and last 5 bases of each intron, together with the intron width. The direction of splicing is indicated by angle brackets (forward or reverse) or ???? (unknown).
            • default : false
            • qualifier : align
            • mandatory : false
            • prompt : Show the alignment
            • type : boolean
          • range :
            • format : %d
            • repeatable :
          • base :
            • name : width
            • ordering : 27
            • option :
              • name : EDAM:0002136
              • type : normal
              • value : data Sequence width
            • default : 50
            • qualifier : width
            • mandatory : false
            • prompt : Alignment width
            • type : long
        • option :
          • name : EDAM:0000182
          • type : normal
          • value : topic Sequence alignment
          • name : EDAM:0000293
          • type : normal
          • value : operation Hybrid sequence alignment
          • name : emboss
          • type : normal
          • value : true
          • name : installation
          • type : normal
          • value : Soaplab2 default installation
          • name : version
          • type : normal
          • value : 6.3.0
        • app_info :
          • category : alignment_global
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/est2genome.html
        • event :
          • action :
          • id : _E_1
      • input :
        • name : match
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : mismatch
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : gappenalty
        • default : 2
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : intronpenalty
        • default : 40
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : splicepenalty
        • default : 20
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : minscore
        • default : 30
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : reverse
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : usesplice
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : mode_both
        • default : true
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : mode_forward
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : mode_reverse
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : best
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : space
        • default : 10.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : seed
        • default : 20825
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : align
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : width
        • default : 50
        • mandatory : false
        • type : long

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