This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service
About Soaplab
Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.
Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.
Further documentation on Soaplab services is available:
- Soaplab overview
- Soaplab client guide page
- EBI Soaplab server documentation
- Soaplab 2
- Sourceforge site for EMBOSS Soaplab services
Provider:
European Bioinformatics Institute (EBI)
Location:
UNITED KINGDOM
Submitter / Source:
Mike Mayer (over 2 years ago)
Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/nucleic_translation.transeq
WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/nucleic_translation.transeq?wsdl(download last cached WSDL file)
Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(7 months ago)
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : transeq
- output :
- type : Nucleic Translation
- version : 6.3.0
- installation : Soaplab2 default installation
- description : Translate nucleic acid sequences
- input :
- analysis_extension :
- analysis :
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : transeq
- output :
- type : Nucleic Translation
- version : 6.3.0
- installation : Soaplab2 default installation
- description : Translate nucleic acid sequences
- input :
- name : frame_1
- default : true
- mandatory : false
- type : boolean
- name : frame_2
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : frame_3
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : frame_F
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : frame_-1
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : frame_-2
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : frame_-3
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : frame_R
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : frame_6
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : trim
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : clean
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : alternative
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- analysis_extension :
- parameter :
- data :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : abi
- level : 0
- value : ace
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : bam
- level : 0
- value : biomart
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : dbid
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : ensembl
- level : 0
- value : experiment
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : fastq
- level : 0
- value : fastq-illumina
- level : 0
- value : fastq-sanger
- level : 0
- value : fastq-solexa
- level : 0
- value : fitch
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : genpept
- level : 0
- value : gff2
- level : 0
- value : gff3
- level : 0
- value : gifasta
- level : 0
- value : hennig86
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : igstrict
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : mase
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : pdb
- level : 0
- value : pdbnuc
- level : 0
- value : pdbnucseq
- level : 0
- value : pdbseq
- level : 0
- value : pearson
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : phylipnon
- level : 0
- value : raw
- level : 0
- value : refseqp
- level : 0
- value : sam
- level : 0
- value : selex
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : stockholm
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : treecon
- type : full
- list_item :
- list :
- base :
- choice_list :
- grouptype : zero_or_more
- separator : ,
- base :
- ordering : 5
- name : frame_1
- default : true
- qualifier : 1
- mandatory : false
- prompt : 1
- type : boolean
- ordering : 6
- name : frame_2
- default : false
- qualifier : 2
- mandatory : false
- prompt : 2
- type : boolean
- ordering : 7
- name : frame_3
- default : false
- qualifier : 3
- mandatory : false
- prompt : 3
- type : boolean
- ordering : 8
- name : frame_F
- default : false
- qualifier : F
- mandatory : false
- prompt : Forward three frames
- type : boolean
- ordering : 9
- name : frame_-1
- default : false
- qualifier : -1
- mandatory : false
- prompt : -1
- type : boolean
- ordering : 10
- name : frame_-2
- default : false
- qualifier : -2
- mandatory : false
- prompt : -2
- type : boolean
- ordering : 11
- name : frame_-3
- default : false
- qualifier : -3
- mandatory : false
- prompt : -3
- type : boolean
- ordering : 12
- name : frame_R
- default : false
- qualifier : R
- mandatory : false
- prompt : Reverse three frames
- type : boolean
- ordering : 13
- name : frame_6
- default : false
- qualifier : 6
- mandatory : false
- prompt : All six frames
- type : boolean
- base :
- standard :
- list :
- name : Genetic codes
- list_item :
- shown_as : Standard
- level : 0
- value : 0
- shown_as : Standard (with alternative initiation codons)
- level : 0
- value : 1
- shown_as : Vertebrate Mitochondrial
- level : 0
- value : 2
- shown_as : Yeast Mitochondrial
- level : 0
- value : 3
- shown_as : Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial and Mycoplasma/Spiroplasma
- level : 0
- value : 4
- shown_as : Invertebrate Mitochondrial
- level : 0
- value : 5
- shown_as : Ciliate Macronuclear and Dasycladacean
- level : 0
- value : 6
- shown_as : Echinoderm Mitochondrial
- level : 0
- value : 9
- shown_as : Euplotid Nuclear
- level : 0
- value : 10
- shown_as : Bacterial
- level : 0
- value : 11
- shown_as : Alternative Yeast Nuclear
- level : 0
- value : 12
- shown_as : Ascidian Mitochondrial
- level : 0
- value : 13
- shown_as : Flatworm Mitochondrial
- level : 0
- value : 14
- shown_as : Blepharisma Macronuclear
- level : 0
- value : 15
- shown_as : Chlorophycean Mitochondrial
- level : 0
- value : 16
- shown_as : Trematode Mitochondrial
- level : 0
- value : 21
- shown_as : Scenedesmus obliquus
- level : 0
- value : 22
- shown_as : Thraustochytrium Mitochondrial
- level : 0
- value : 23
- type : full
- repeatable :
- list :
- base :
- standard :
- repeatable :
- base :
- base :
- ordering : 16
- name : trim
- help : This removes all ‘X’ and ‘*’ characters from the right end of the translation. The trimming process starts at the end and continues until the next character is not a ‘X’ or a ‘*’
- option :
- name : EDAM:0002135
- value : data Toggle
- type : normal
- qualifier : trim
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- prompt : Trim trailing X’s and *’s
- base :
- ordering : 17
- name : clean
- help : This changes all STOP codon positions from the ‘*’ character to ‘X’ (an unknown residue). This is useful because some programs will not accept protein sequences with ‘*’ characters in them.
- option :
- name : EDAM:0002135
- value : data Toggle
- type : normal
- qualifier : clean
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- prompt : Change all *’s to X’s
- base :
- ordering : 20
- name : alternative
- help : The default definition of frame ‘-1’ is the reverse-complement of the set of codons used in frame 1. (Frame -2 is the set of codons used by frame 2, similarly frames -3 and 3). This is a common standard, used by the Staden package and other programs. If you prefer to define frame ‘-1’ as using the set of codons starting with the last codon of the sequence, then set this to be true.
- option :
- name : EDAM:0002135
- value : data Toggle
- type : normal
- qualifier : alternative
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- prompt : Define frame ‘-1’ as starting in the last codon
- data :
- result :
- extension : pep
- iotype : output
- base :
- standard :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : asn1
- level : 0
- value : bam
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : das
- level : 0
- value : dasdna
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : experiment
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : fastq-illumina
- level : 0
- value : fastq-sanger
- level : 0
- value : fastq-solexa
- level : 0
- value : fitch
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : genpept
- level : 0
- value : gff2
- level : 0
- value : gff3
- level : 0
- value : gifasta
- level : 0
- value : hennig86
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : jackknifernon
- level : 0
- value : mase
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : meganon
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : ncbi
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : nexusnon
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : phylipnon
- level : 0
- value : pir
- level : 0
- value : raw
- level : 0
- value : refseq
- level : 0
- value : refseqp
- level : 0
- value : sam
- level : 0
- value : selex
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : treecon
- type : full
- list_item :
- repeatable :
- list :
- base :
- data :
- option :
- name : EDAM:0000108
- value : topic Transcription and translation
- type : normal
- name : EDAM:0000371
- value : operation DNA translation
- type : normal
- name : emboss
- value : true
- type : normal
- name : installation
- value : Soaplab2 default installation
- type : normal
- name : version
- value : 6.3.0
- type : normal
- app_info :
- category : nucleic_translation
- help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/transeq.html
- event :
- action :
- id : _E_1
- parameter :
- analysis :
License(s): None Login to add license info Cost: No info yet Login to add cost info Usage Conditions: No info yet Login to add usage conditions info Contact Info: None Login to add contact info Publications: for this service. This can be a URI to the publication and/or a DOI. None Login to add publication info Citations: None Login to add a citation