vrnaalifoldService SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
United Kingdom

Submitter/Source:
SoapLab Support (over 11 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk:80/soaplab/typed/services/nucleic_2d_structure.vrnaalifold

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/typed/services/nucleic_2d_structure.vrnaalifold?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): from provider’s description doc (over 10 years ago) RNA alignment folding

Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 10 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : vrnaalifold
      • installation : Soaplab2 default installation
      • type : Nucleic RNA folding, Nucleic 2D structure
      • output :
      • description : RNA alignment folding
      • version : 6.1.0
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : vrnaalifold
      • installation : Soaplab2 default installation
      • type : Nucleic RNA folding, Nucleic 2D structure
      • output :
      • description : RNA alignment folding
      • version : 6.1.0
      • analysis_extension :
        • option :
          • name : emboss
          • type : normal
          • value : true
          • name : installation
          • type : normal
          • value : Soaplab2 default installation
          • name : version
          • type : normal
          • value : 6.1.0
        • event :
          • action :
          • id : _E_1
        • app_info :
          • category : nucleic_rna_folding
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.1/emboss/apps/vrnaalifold.html
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : gcg
                • level : 0
                • value : gcg8
                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : swiss
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
                • value : ncbi
                • level : 0
                • value : genbank
                • level : 0
                • value : nbrf
                • level : 0
                • value : pir
                • level : 0
                • value : codata
                • level : 0
                • value : strider
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
                • value : phylip
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : msf
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
                • value : jackknifernon
                • level : 0
                • value : nexus
                • level : 0
                • value : nexusnon
                • level : 0
                • value : treecon
                • level : 0
                • value : mega
                • level : 0
                • value : meganon
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : staden
                • level : 0
                • value : text
                • level : 0
                • value : raw
              • type : full
          • base :
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • data :
            • ioformat : unspecified
            • iotype : input
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : temperature
            • default : 37.0
            • mandatory : false
            • qualifier : temperature
            • prompt : Temperature
            • type : float
            • ordering : 7
          • base :
            • name : gu
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : gu
            • prompt : Allow GU pairs
            • type : boolean
            • ordering : 8
          • base :
            • name : closegu
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : closegu
            • prompt : Allow GU pairs at end of helices
            • type : boolean
            • ordering : 9
          • base :
            • name : lp
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : lp
            • prompt : Allow lonely pairs
            • type : boolean
            • ordering : 10
          • base :
            • name : convert
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : convert
            • prompt : Convert T to U
            • type : boolean
            • ordering : 11
          • standard :
            • repeatable :
          • base :
          • base :
            • name : tetraloop
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : tetraloop
            • prompt : Stabilizing energies for tetra-loops
            • type : boolean
            • ordering : 13
          • base :
            • name : circular
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : circular
            • prompt : Circular RNA
            • type : boolean
            • ordering : 14
          • base :
            • name : colour
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : colour
            • prompt : Colour structure plot
            • type : boolean
            • ordering : 15
          • standard :
            • list :
              • name : Energy parameters
              • list_item :
                • level : 0
                • shown_as : BP
                • value : 0
                • level : 0
                • shown_as : Any with GC
                • value : 1
                • level : 0
                • shown_as : Any with AU parameters
                • value : 2
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : scale
            • default : 1.07
            • mandatory : false
            • qualifier : scale
            • prompt : Estimate of ensemble free energy
            • type : float
            • ordering : 17
          • standard :
            • list :
              • name : How to treat dangling end energies
              • list_item :
                • level : 0
                • shown_as : Ignore
                • value : 0
                • level : 0
                • shown_as : Only unpaired bases for just one dangling end
                • value : 1
                • level : 0
                • shown_as : Always use dangling energies
                • value : 2
                • level : 0
                • shown_as : Allow coaxial stacking of adjacent helices
                • value : 3
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : covariance
            • default : 1.0
            • mandatory : false
            • qualifier : covariance
            • prompt : Weight for covariance
            • type : float
            • ordering : 19
          • range :
            • format : %f
            • repeatable :
          • base :
            • name : nspenalty
            • default : 1.0
            • mandatory : false
            • qualifier : nspenalty
            • prompt : Non-compatible sequence penalty
            • type : float
            • ordering : 20
          • base :
            • name : endgaps
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : endgaps
            • prompt : Mark end gaps
            • type : boolean
            • ordering : 21
          • base :
            • name : most
            • default : false
            • mandatory : false
            • qualifier : most
            • prompt : Use most informative sequence algorithm
            • type : boolean
            • ordering : 22
          • data :
            • result :
            • extension : ssps
            • iotype : output
          • base :
          • data :
            • result :
            • extension : alirnaps
            • iotype : output
          • base :
      • input :
        • name : temperature
        • default : 37.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : gu
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : closegu
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : lp
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : convert
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : tetraloop
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : circular
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : colour
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : scale
        • default : 1.07
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : covariance
        • default : 1.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : nspenalty
        • default : 1.0
        • mandatory : false
        • type : float
        • name : endgaps
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : most
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean

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