![header=[] body=[Provider's description doc] cssheader=[boxoverTooltipHeader] cssbody=[boxoverTooltipBody] delay=[200]](/assets/page_white_code-a2f327cbed9ca84c8650d7721293707d.png)
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : sixpack
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Display, Nucleic Gene finding, Nucleic Translation
- description : Display a DNA sequence with 6-frame translation and ORFs
- analysis_extension :
- input :
Show all

- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : sixpack
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Display, Nucleic Gene finding, Nucleic Translation
- description : Display a DNA sequence with 6-frame translation and ORFs
- analysis_extension :
- parameter :
- data :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : abi
- level : 0
- value : ace
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : bam
- level : 0
- value : biomart
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : dbid
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : ensembl
- level : 0
- value : experiment
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : fastq
- level : 0
- value : fastq-illumina
- level : 0
- value : fastq-sanger
- level : 0
- value : fastq-solexa
- level : 0
- value : fitch
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : genpept
- level : 0
- value : gff2
- level : 0
- value : gff3
- level : 0
- value : gifasta
- level : 0
- value : hennig86
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : igstrict
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : mase
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : pdb
- level : 0
- value : pdbnuc
- level : 0
- value : pdbnucseq
- level : 0
- value : pdbseq
- level : 0
- value : pearson
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : phylipnon
- level : 0
- value : raw
- level : 0
- value : refseqp
- level : 0
- value : sam
- level : 0
- value : selex
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : stockholm
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : treecon
- type : full
- base :
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- standard :
- list :
- list_item :
- shown_as : Standard
- level : 0
- value : 0
- shown_as : Standard (with alternative initiation codons)
- level : 0
- value : 1
- shown_as : Vertebrate Mitochondrial
- level : 0
- value : 2
- shown_as : Yeast Mitochondrial
- level : 0
- value : 3
- shown_as : Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial and Mycoplasma/Spiroplasma
- level : 0
- value : 4
- shown_as : Invertebrate Mitochondrial
- level : 0
- value : 5
- shown_as : Ciliate Macronuclear and Dasycladacean
- level : 0
- value : 6
- shown_as : Echinoderm Mitochondrial
- level : 0
- value : 9
- shown_as : Euplotid Nuclear
- level : 0
- value : 10
- shown_as : Bacterial
- level : 0
- value : 11
- shown_as : Alternative Yeast Nuclear
- level : 0
- value : 12
- shown_as : Ascidian Mitochondrial
- level : 0
- value : 13
- shown_as : Flatworm Mitochondrial
- level : 0
- value : 14
- shown_as : Blepharisma Macronuclear
- level : 0
- value : 15
- shown_as : Chlorophycean Mitochondrial
- level : 0
- value : 16
- shown_as : Trematode Mitochondrial
- level : 0
- value : 21
- shown_as : Scenedesmus obliquus
- level : 0
- value : 22
- shown_as : Thraustochytrium Mitochondrial
- level : 0
- value : 23
- name : Genetic codes
- type : full
- repeatable :
- base :
- base :
- name : firstorf
- ordering : 5
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Count the beginning of a sequence as a possible ORF, even if it's inferior to the minimal ORF size.
- default : false
- qualifier : firstorf
- mandatory : false
- prompt : ORF at the beginning of the sequence
- type : boolean
- base :
- name : lastorf
- ordering : 6
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Count the end of a sequence as a possible ORF, even if it's not finishing with a STOP, or inferior to the minimal ORF size.
- default : false
- qualifier : lastorf
- mandatory : false
- prompt : ORF at the end of the sequence
- type : boolean
- base :
- name : mstart
- ordering : 7
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Displays only ORFs starting with an M.
- default : false
- qualifier : mstart
- mandatory : false
- prompt : ORF start with an M
- type : boolean
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- base :
- name : reverse
- ordering : 12
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Display also the translation of the DNA sequence in the 3 reverse frames
- default : false
- qualifier : reverse
- mandatory : false
- prompt : Display translation of reverse sense
- type : boolean
- range :
- format : %d
- min : 1
- repeatable :
- base :
- name : orfminsize
- ordering : 13
- option :
- name : EDAM:0001249
- type : normal
- value : data Sequence length
- name : scalemin
- type : style
- value : 1
- help : Minimum size of Open Reading Frames (ORFs) to display in the translations.
- default : 1
- qualifier : orfminsize
- mandatory : false
- prompt : Minimum size of ORFs
- type : long
- standard :
- repeatable :
- base :
- standard :
- repeatable :
- base :
- base :
- name : number
- ordering : 16
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Number the sequence at the beginning and the end of each line.
- default : false
- qualifier : number
- mandatory : false
- prompt : Number the sequences
- type : boolean
- range :
- format : %d
- min : 1
- repeatable :
- base :
- name : width
- ordering : 17
- option :
- name : EDAM:0002136
- type : normal
- value : data Sequence width
- name : scalemin
- type : style
- value : 1
- help : Number of nucleotides displayed on each line
- default : 60
- qualifier : width
- mandatory : false
- prompt : Width of sequence to display
- type : long
- range :
- format : %d
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : length
- ordering : 18
- option :
- name : EDAM:0002152
- type : normal
- value : data Rendering parameter
- default : 0
- qualifier : length
- mandatory : false
- prompt : Line length of page (0 for indefinite)
- type : long
- range :
- format : %d
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : margin
- ordering : 19
- option :
- name : EDAM:0002152
- type : normal
- value : data Rendering parameter
- default : 10
- qualifier : margin
- mandatory : false
- prompt : Margin around sequence for numbering.
- type : long
- base :
- name : name
- ordering : 20
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Set this to be false if you do not wish to display the ID name of the sequence.
- default : false
- qualifier : name
- mandatory : false
- prompt : Display sequence ID
- type : boolean
- base :
- name : description
- ordering : 21
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : Set this to be false if you do not wish to display the description of the sequence.
- default : false
- qualifier : description
- mandatory : false
- prompt : Display description
- type : boolean
- range :
- format : %d
- repeatable :
- base :
- name : offset
- ordering : 22
- option :
- name : EDAM:0002145
- type : normal
- value : data Sequence offset
- help : Number from which you want the DNA sequence to be numbered.
- default : 1
- qualifier : offset
- mandatory : false
- prompt : Offset to start numbering the sequence from
- type : long
- base :
- name : html
- ordering : 23
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : html
- mandatory : false
- prompt : Use HTML formatting
- type : boolean
- standard :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : asn1
- level : 0
- value : bam
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : das
- level : 0
- value : dasdna
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : experiment
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : fastq-illumina
- level : 0
- value : fastq-sanger
- level : 0
- value : fastq-solexa
- level : 0
- value : fitch
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : genpept
- level : 0
- value : gff2
- level : 0
- value : gff3
- level : 0
- value : gifasta
- level : 0
- value : hennig86
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : jackknifernon
- level : 0
- value : mase
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : meganon
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : ncbi
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : nexusnon
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : phylipnon
- level : 0
- value : pir
- level : 0
- value : raw
- level : 0
- value : refseq
- level : 0
- value : refseqp
- level : 0
- value : sam
- level : 0
- value : selex
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : treecon
- type : full
- repeatable :
- base :
- option :
- name : EDAM:0000108
- type : normal
- value : topic Transcription and translation
- name : EDAM:0000371
- type : normal
- value : operation DNA translation
- name : EDAM:0000436
- type : normal
- value : operation Coding region prediction
- name : EDAM:0000564
- type : normal
- value : operation Sequence visualisation
- name : emboss
- type : normal
- value : true
- name : installation
- type : normal
- value : Soaplab2 default installation
- name : version
- type : normal
- value : 6.3.0
- app_info :
- category : display
- help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/sixpack.html
- event :
- action :
- id : _E_1
- input :
- name : firstorf
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : lastorf
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : mstart
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : reverse
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : orfminsize
- default : 1
- mandatory : false
- type : long
- name : number
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : width
- default : 60
- mandatory : false
- type : long
- name : length
- default : 0
- mandatory : false
- type : long
- name : margin
- default : 10
- mandatory : false
- type : long
- name : name
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : description
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : offset
- default : 1
- mandatory : false
- type : long
- name : html
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean