![header=[] body=[Provider's description doc] cssheader=[boxoverTooltipHeader] cssbody=[boxoverTooltipBody] delay=[200]](/assets/page_white_code-a2f327cbed9ca84c8650d7721293707d.png)
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- name : vrnaalifold
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- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Nucleic RNA folding, Nucleic 2D structure
- description : RNA alignment folding
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- ioformat : unspecified
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- name : EDAM:
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- name : gu
- ordering : 8
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- name : EDAM:
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- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
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- qualifier : closegu
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- prompt : Allow GU pairs at end of helices
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- name : lp
- ordering : 10
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- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
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- prompt : Allow lonely pairs
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- name : convert
- ordering : 11
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- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
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- qualifier : convert
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- prompt : Convert T to U
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- base :
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- ordering : 13
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- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
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- qualifier : tetraloop
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- prompt : Stabilizing energies for tetra-loops
- type : boolean
- base :
- name : circular
- ordering : 14
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- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
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- qualifier : circular
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- prompt : Circular RNA
- type : boolean
- base :
- name : colour
- ordering : 15
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
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- qualifier : colour
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- prompt : Colour structure plot
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- list_item :
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- shown_as : Any with AU parameters
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- name : Energy parameters
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- format : %f
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- base :
- name : scale
- ordering : 17
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- name : EDAM:
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- value : Generic float
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- qualifier : scale
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- prompt : Estimate of ensemble free energy
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- list :
- list_item :
- shown_as : Ignore
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- shown_as : Only unpaired bases for just one dangling end
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- shown_as : Allow coaxial stacking of adjacent helices
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- name : How to treat dangling end energies
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- format : %f
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- name : covariance
- ordering : 19
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- name : EDAM:
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- prompt : Weight for covariance
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- format : %f
- repeatable :
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- name : nspenalty
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- name : EDAM:
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- prompt : Non-compatible sequence penalty
- type : float
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- name : endgaps
- ordering : 21
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- name : EDAM:
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- qualifier : endgaps
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- prompt : Mark end gaps
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- name : EDAM:
- type : normal
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- prompt : Use most informative sequence algorithm
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- data :
- result :
- extension : alirnaps
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- type : normal
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- app_info :
- category : nucleic_rna_folding
- help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/vrnaalifold.html
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- input :
- name : temperature
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