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Soaplab server
(over 8 years ago)
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : ffitch
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Phylogeny Distance matrix
- description : Fitch-Margoliash and Least-Squares Distance Methods
- analysis_extension :
- input :
Show all
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : ffitch
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Phylogeny Distance matrix
- description : Fitch-Margoliash and Least-Squares Distance Methods
- analysis_extension :
- parameter :
- data :
- ioformat : unspecified
- iotype : input
- repeatable :
- base :
- data :
- ioformat : unspecified
- iotype : input
- repeatable :
- base :
- range :
- format : %d
- max :
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : outgrno
- ordering : 9
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic integer
- name : calculated_hardmax
- type : normal
- value : ${datafile.distancesize}
- default : 0
- qualifier : outgrno
- mandatory : false
- prompt : Species number to use as outgroup
- type : long
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- standard :
- list :
- list_item :
- shown_as : Square
- level : 0
- value : s
- shown_as : Upper triangular
- level : 0
- value : u
- shown_as : Lower triangular
- level : 0
- value : l
- name : Matrix type
- type : full
- repeatable :
- base :
- base :
- name : minev
- ordering : 6
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
- default : false
- qualifier : minev
- mandatory : false
- prompt : Minimum evolution
- type : boolean
- range :
- format : %d
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : njumble
- ordering : 7
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic integer
- default : 0
- qualifier : njumble
- mandatory : false
- prompt : Number of times to randomise
- type : long
- range :
- format : %d
- max : 32767
- min : 1
- repeatable :
- base :
- name : seed
- ordering : 8
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic integer
- name : scalemax
- type : style
- value : 32767
- name : scalemin
- type : style
- value : 1
- default : 1
- qualifier : seed
- mandatory : false
- prompt : Random number seed between 1 and 32767 (must be odd)
- type : long
- range :
- format : %f
- repeatable :
- base :
- name : power
- ordering : 10
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic float
- default : 2.0
- qualifier : power
- mandatory : false
- prompt : Power
- type : float
- base :
- name : lengths
- ordering : 11
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
- default : false
- qualifier : lengths
- mandatory : false
- prompt : Use branch lengths from user trees
- type : boolean
- base :
- name : negallowed
- ordering : 12
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
- default : false
- qualifier : negallowed
- mandatory : false
- prompt : Negative branch lengths allowed
- type : boolean
- base :
- name : global
- ordering : 13
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
- default : false
- qualifier : global
- mandatory : false
- prompt : Global rearrangements
- type : boolean
- base :
- name : replicates
- ordering : 14
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
- default : false
- qualifier : replicates
- mandatory : false
- prompt : Subreplicates
- type : boolean
- base :
- name : trout
- ordering : 18
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
- default : false
- qualifier : trout
- mandatory : false
- prompt : Write out trees to tree file
- type : boolean
- data :
- result :
- extension : treefile
- iotype : output
- base :
- base :
- name : printdata
- ordering : 20
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
- default : false
- qualifier : printdata
- mandatory : false
- prompt : Print data at start of run
- type : boolean
- base :
- name : progress
- ordering : 21
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
- default : false
- qualifier : progress
- mandatory : false
- prompt : Print indications of progress of run
- type : boolean
- base :
- name : treeprint
- ordering : 22
- option :
- name : EDAM:
- type : normal
- value : Generic boolean
- default : false
- qualifier : treeprint
- mandatory : false
- prompt : Print out tree
- type : boolean
- option :
- name : emboss
- type : normal
- value : true
- name : installation
- type : normal
- value : Soaplab2 default installation
- name : version
- type : normal
- value : 6.3.0
- app_info :
- category : phylogeny_distance_matrix
- help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/ffitch.html
- event :
- action :
- id : _E_1
- input :
- name : outgrno
- default : 0
- mandatory : false
- type : long
- name : minev
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : njumble
- default : 0
- mandatory : false
- type : long
- name : seed
- default : 1
- mandatory : false
- type : long
- name : power
- default : 2.0
- mandatory : false
- type : float
- name : lengths
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : negallowed
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : global
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : replicates
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : trout
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : printdata
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : progress
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : treeprint
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
